Der Freistaat ist widerspenstig, pocht auf seine Eigenständigkeit und kämpft vehement für die Rechte der Länder gegenüber Bund und EU. Ministerpräsident Franz Josef Strauß vertritt Bayerns Interessen weltweit, scheitert aber als Kanzlerkandidat. Die im oberpfälzischen Wackersdorf geplante atomare Wiederaufarbeitungsanlage provoziert Proteste der Bürger und wird später gestoppt. Aus der Umwelt- und Friedensbewegung geht eine neue Partei hervor: Im Jahr 1986 ziehen die Grünen in den Bayerischen Landtag ein.

Bayern wandelt sich rasant vom Agrar- zum Industriestaat: Im ganzen Land werden neue Gymnasien und Universitäten gegründet und Verkehrsachsen gebaut. Ministerpräsident Alfons Goppel symbolisiert in seiner Rolle als Landesvater Kontinuität im Wandel und bayerisches Selbstbewusstsein. Das Wirtschaftswunder verändert die Lebenswelt spürbar. Waschmaschinen und Fernseher werden Alltagsgüter, die Menschen leisten sich erste Italien-Urlaube. Gastarbeiter aus Italien, Spanien, Griechenland und der Türkei unterstützen das Wachstum der bayerischen Wirtschaft. Die rebellische Jugend drängt auf eine weitergehende Liberalisierung der Gesellschaft und zieht zunehmend in die Städte.

Im Jahr 1939 beginnt Hitler-Deutschland den Zweiten Weltkrieg, in dem weltweit über 60 Millionen Menschen ihr Leben verlieren. Die Nationalsozialisten und ihre Handlanger ermorden sechs Millionen Juden. Nach der deutschen Kapitulation 1945 besetzen amerikanische Truppen Bayern. Die Amerikaner ermöglichen die Erneuerung von Staatlichkeit und Demokratie in Bayern. Bald wählt die Bevölkerung Gemeinderäte, Kreistage und schließlich eine verfassungsgebende Landesversammlung und den Landtag. „Angesichts des Trümmerfeldes, zu dem eine Staats- und Gesellschaftsordnung ohne Gott, ohne Gewissen und ohne Achtung vor der Würde des Menschen die Überlebenden des Zweiten Weltkrieges geführt hat“, erarbeiten frei gewählte bayerische Politiker eine neue demokratische Verfassung. Bei der Volksabstimmung sagen 70 Prozent „Ja“. Der Freistaat, wie sich Bayern „eingedenk seiner mehr als tausendjährigen Geschichte“ wieder nennt, wird zum demokratischen Kultur-, Sozial- und Rechtsstaat: Der Staat schützt die Menschenwürde und die natürlichen Lebensgrundlagen, die Wirtschaft dient dem Gemeinwohl und die Naturschönheiten müssen für alle frei zugänglich sein. Am 1. Dezember 1946 tritt die neue Verfassung des Freistaats Bayern in Kraft. Die ersten Aufgaben der bayerischen Nachkriegspolitik sind der Kampf gegen Hunger, Knappheit und Wohnungsnot sowie die Unterbringung von über zwei Millionen Flüchtlingen und Heimatvertriebenen. Der Freistaat wird 1949 Teil der im Grundgesetz föderal organisierten Bundesrepublik Deutschland und bekennt sich in seiner Verfassung seit 1998 zum geeinten Europa.

Unter dem Eindruck der gerade in Bayern gewalttätigen (Gegen-)Revolution und des Versailler Vertrags bestimmen bald wieder monarchische, deutschnationale und auch rechtsradikale Kräfte die politische Wirklichkeit. Ihr Ziel: Die alten Verhältnisse wiederherzustellen und Bayern zu einer „Ordnungszelle“ im Deutschen Reich zu machen. Bewaffnete Verbände beeinflussen das politische Leben, das von wiederholten Regierungswechseln und der grassierenden Hyperinflation erschüttert wird. Auf diesem Boden nimmt die NSDAP ihre Anfänge. Der Hitler-Putsch von 1923 scheitert an den Gegenmaßnahmen der bayerischen Regierung und Polizei. Unter Ministerpräsident Heinrich Held von der Bayerischen Volkspartei kehrt politische Stabilität ein. Held versucht vor allem, die zentralistische Reichsverfassung zu korrigieren, die die Eigenstaatlichkeit Bayerns erheblich einschränkt.

Bayern verliert seine Selbstständigkeit im deutschen Kaiserreich. Auf der Seite des Deutschen Bundes und seiner Leitmacht Österreich zieht Bayern in den Krieg gegen Preußen um die Zukunft Schleswigs und Holsteins und erfährt eine Niederlage. Es verbündet sich mit Preußen, kämpft an dessen Seite gegen Frankreich und steht 1870 auf der Seite der Sieger. Und dennoch ist der Sieg eine Niederlage: Bayern verliert im neuen Deutschen Kaiserreich 1871 seine Selbstständigkeit. Zumindest kann es die Hoheit über Post, Eisenbahn und die Armee in Friedenszeiten wahren – und über die Biersteuer.

Bayern wird 1818 zum modernen Verfassungsstaat. Schon 1808 wurde eine Verfassung entwickelt, die Bayern mit an die Spitze der konstitutionellen Bewegung in Europa setzte. Sie konnte aber wegen der Napoleonischen Kriege nicht umgesetzt werden. Im Jahr 1818 gibt der König dann eine Verfassung. Das Besondere: Bei der Thronbesteigung lassen sich die bayerischen Könige nicht krönen, sondern schwören stattdessen auf die Verfassung. Bayern ist eine konstitutionelle Monarchie. Es gibt Regeln, an die sich auch der König halten muss. Die Macht des Königs wird also begrenzt, auch er hat sich den Gesetzen zu beugen und eine eigene Ständeversammlung hat Einfluss auf Gesetzgebung und Steuerbewilligung. Sie wird zur Keimzelle des Parlamentarismus und des späteren Landtags. Ganz im Geiste der Aufklärung garantiert die Verfassung zudem die Gleichheit vor dem Gesetz, Religionsfreiheit, eine erweiterte Meinungsfreiheit und den Zugang zu Staatsämtern nach Befähigung statt nach Geburt.

Mit dem Ausgang des Dreißigjährigen Krieges wird die Staatsgewalt zunehmend auf den Fürsten konzentriert: Politisch bestimmt der Absolutismus Bayern, kulturell der Barock.

Beide finden ihren architektonischen Ausdruck in Residenzneubauten in Kempten, Bamberg und Würzburg oder im Opernhaus in Bayreuth.

Der „Blaue Kurfürst“ Maximilian II. Emanuel ist ein typischer Barockfürst: Er bewährte sich im „Großen Türkenkrieg“ als Feldherr, baute die Schlösser Schleißheim und Nymphenburg und träumte vom Aufstieg Bayerns zur europäischen Großmacht. Nur mit Glück und hohen Schulden überstand das Land die hochfliegenden Ambitionen.

In Ingolstadt wird die erste Landesuniversität gegründet. Die bayerische Gelehrsamkeit findet damit eine Heimstatt außerhalb der Klöster. Hier sollen Juristen für die herzogliche Verwaltung ausgebildet werden.
Ab 1517 wird die Universität Ingolstadt zum bedeutsamen Zentrum der Gegenreformation und als Jesuitenuniversität zum Modell für ganz Europa.
1800 wurde sie nach Landshut und 1826 schließlich nach München verlegt, wo sie heute als Ludwig-Maximilians-Universität fortbesteht.

Um 1200 setzte die Wende vom Hoch- zum Spätmittelalter ein. Das Herzogtum „Baiern“ wächst, doch Erbteilungen sorgen für andauernde Spannungen und Zersplitterung.

In der „Staufischen Klassik“ blüht die (mittelhoch)deutsche Literatur – auch im heutigen Bayern, etwa mit der Heldendichtung des Nibelungenliedes: Bischof Wolfger von Erla fördert einen unbekannten Dichter, der das Lied vermutlich an dessen Hof in Passau niederschreibt.

Der bayerische Herzog Heinrich und seine Frau Kunigunde werden vom Papst im Petersdom zu Kaiser und Kaiserin des Heiligen Römischen Reiches gekrönt. Beide haben 1007 das Bistum Bamberg gegründet, sind dort im Dom bestattet und werden als Heilige verehrt.

Das Gebiet des heutigen Bayerns wird in weiten Teilen durch die römischen Legionen erobert und besiedelt, wodurch eine schrittweise Romanisierung einsetzt.

Hiervon zeugen noch heute die Überreste des Limes von Gunzenhausen über Regensburg bis Straubing sowie die archäologischen Funde in den Römerstädten Kempten (Cambodunum) und Augsburg (Augusta Vindelicum als Provinzhauptstadt Raetiens).